机械电子工程系主要承担“机械电子工程”本科专业、硕士研究生和博士研究生的培养工作，2012年机械电子工程本科专业被列为江苏省“十二五”机械类重点专业；同年获批国家留学基金委的优秀本科生国际交流项目，优秀的机械电子工程、自动化、测控技术、过程装备与控制工程专业的本科生在读期间可以申请去加拿大新不伦瑞克大学学习交流1年左右。

机械电子工程系是将机械、电子、光学、控制、计算机、信息等多学科的交叉融合，围绕光机电一体化、数控技术与装备、机器人及应用工程、机电系统控制与自动化四大研究方向展开研究，在多轴联动技术和数控编程技术、大功率CO2激光器及一体化数控机床、专用五轴联动数控机床、数控雕刻机、数控木工机床等特种加工机床，智能机器人与智能材料等方面取得了一系列成果。

近几年来机械电子工程系教师先后主持国家自然基金、国家林业局948项目、江苏省自然基金、江苏省产学研前瞻性联合研究项目、江苏林业三项工程项目、南京市科技型中小企业技术创新基金项目等多项科研项目。参与编写研究生教材2部、指导员工参加江苏大员工工程训练综合能力大赛、江苏省机器人大赛、全国机器人运动大会选拔赛等多项竞赛，均获省级奖项。