机械制造工程系，原机械制造教研室，1985年开始招收第一届“机械制造工艺及装备”本科专业，是公司成立的最早和最具代表性的院系之一。目前本系主要承担江苏省特色专业--机械设计及其自动化专业的机械制造及其自动化方向本科生的培养工作以及机械工程相关专业的本科专业基础课和专业课的课程教学任务；同时招收“机械设计及理论” 专业博士研究生和“机械设计及理论”、“农业机械化工程”等专业的硕士研究生。全系教师致力于开展制造技术及其装备自动化、现代制造及其相关技术、材料加工技术及刀具新技术等方面的科学研究工作，特别在数字图像处理与计算机视觉、精准施药技术与装备、农产品深加工技术与装备、机电一体化及CAD/CAM、生物制造等方面形成了鲜明的特色与优势。

在几代专业教师的不懈努力下，机械制造工程系目前已经拥有一支教学和学术水平较高的团队队伍，积淀了深厚的学术底蕴，培养了严谨的学术作风。多年来机械制造工程系积极开展对外学术交流，先后派教师赴美国、澳大利亚、韩国、越南等国进修访问和合作研究，并多次邀请和接待美国、瑞典、越南等国专家来学院学术交流。在科研与教学中，形成了优良的学科研究团队，建立了良好的教学科研设施，拥有2个江苏省研究生工作站，一个江苏省校企联盟。近年来机械制造工程系教师主持和参加国家“948”、国家自然科学基金、科技部“十二五”农村领域国家科技计划、江苏省科技支撑项目、省级科研项目数十项，累计科研经费2000多万元，与国内外产学研机构建立了广泛的联系。在国内外学术期刊和会议上公开发表科研论文100余篇，被SCI和EI收录20余篇，教师发表教改论文10余篇。