林业机械系建立于1960年。1958年开始招收“林业机械”专业本科生，1998年专业调整以来，主要负责“机械设计制造及其自动化（机械设计及其自动化方向）”本科专业人才培养，2005年该专业成为江苏省特色专业，2009年成为国家级特色专业建设点，2012年成为江苏省“十二五”机械类重点专业的核心专业。本系招收 “机械设计及理论” 专业博士研究生和“机械设计及理论”、“检测技术与自动化装置”、“农业机械化工程”等专业的硕士研究生。经过几代教育工作者五十多年的艰苦奋斗，形成了集教学、科研、科技开发与推广于一体的雄厚的教学科研体系，形成了具有鲜明特色的林业与木工机械、测控技术与智能系统、先进农药使用技术与设备、脉动燃烧技术、机械现代设计方法、农林机器人及控制技术、农林信息化工程等研究方向。

近几年来林机系教师先后主持国家863计划、国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家林业局948项目、林业行业公益经费项目、国家林业局标准项目、国家林业局推广项目、美国农业部项目、江苏省科技支撑项目、江苏省国际合作重大项目、国际合作计划面上项目、江苏省自然科学基金、江苏农业三新工程项目、江苏省高校自然科学研究面上项目、江苏省农机三新工程项目、江苏省高校产业化推进项目、江苏省青蓝工程项目、江苏省333工程项目、江苏省六大人才高峰项目等30多项，累计科研经费3600多万元。本系“林木保护技术与装备及其智能化科技创新团队” 2013年被评为江苏省高等院校优秀科技创新团队。本系科研团队获得教育部科技进步奖1项，梁希林业科学奖3项，江苏省教学成果奖1项；发表高水平学术论文400多篇，SCI/EI收录80多篇，已授权发明专利10项。本系与相关学科方向的国内外研究机构开展了广泛的学术交流，与美国俄亥俄州立大学、美国佛罗里达州立大学、美国农业部应用技术研究所、澳大利亚昆士兰大学、香港科技大学建立了密切的合作关系。